این بانک در راستای حمایت از شرکت‌های دانش‌بنیان، پرداخت تسهیلات به این شرکت‌ها را در دستور کار خود قرار داده است.
حمایت از شرکت‌های دانش‌بنیان از این رو اهمیت دارد که این شرکت‌ها با تولید محصولاتی که متکی به فناوری‌های نوین است، هم در استفاده از منابع طبیعی صرفه‌جویی کرده و هم بازدهی بیشتری را برای بخش‌های مختلف اقتصادی به ارمغان می‌آورند.
بر همین اساس بانک قرض‌الحسنه مهر ایران در چارچوب تفاهم‌نامه با صندوق نوآوری و شکوفایی، از این شرکت‌ها حمایت کرده و به آن‌ها تسهیلات قرض‌الحسنه پرداخت می‌کند.
بانک مهر ایران تا کنون بیش از ۱۰۰۰ میلیارد ریال در قالب حدود ۲۹۰۰ فقره تسهیلات به این شرکت‌ها پرداخت کرده است. گفتنی است همه تسهیلات پرداخت شده قرض‌الحسنه بوده و نرخ کارمزد آن‌ها بین دو تا چهار درصد است.